哈曼

DOI:10.18129 / B9.bioc.Harman

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见哈曼．

使用PCA和基于约束优化的技术从数据集中去除批处理效应

Bioconductor版本:3.9

Harman是一种基于PCA和约束优化的技术，它最大限度地从数据集中去除批量效应，并限制过度校正的概率(即去除真正的生物信号和批量噪声)保持在由最终用户设置的分数范围内。

作者:Josh Bowden [aut]， Jason Ross [aut, cre]， Yalchin Oytam [aut]

维护者:Jason Ross < Jason。罗斯在csiro.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("哈曼")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

哈曼browseVignettes(“”)

超文本标记语言	R脚本	IntroductionToHarman
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DNAMethylation，微阵列，MultipleComparison，归一化，预处理，PrincipalComponent，软件，StatisticalMethod，转录
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 3.5)
进口	Rcpp(>= 0.11.2)，图形，统计
链接	Rcpp
建议	HarmanData，BiocGenerics，BiocStyle，knitr，rmarkdown，RUnit，RColorBrewer，bladderbatch，limma，minfi，光民，msmsEDA，affydata，minfiData，股东价值分析
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinformatics.csiro.au/harman/
BugReports	https://github.com/JasonR055/Harman/issues
全靠我
进口我	debrowser
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Harman_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	Harman_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Harman_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Harman
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Harman
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Harman/
软件包下载报告	下载数据