ImpulseDE2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ImpulseDE2

这个包是3.9版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见ImpulseDE2．

纵向计数数据集的差异表达分析

Bioconductor版本:3.9

impulse - de2是在RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、DNaseI-seq等测序实验中出现的纵向计数数据集的差分表达算法。impulse - de2基于DESeq2的离散趋势平滑负二项噪声模型，并使用脉冲模型约束每个基因的平均表达轨迹。脉冲模型被经验发现适合细胞在环境和发育刺激后的整体表达变化，因此适用于大多数细胞生物学情景。对平均表达轨迹的约束防止了对小的表达波动的过拟合。其次，由于参数数量固定，当采样时间点超过6个时，脉冲差分算法比基于广义线性模型的差分表达式算法具有更高的统计检验能力。

作者:David S Fischer [aut, cre]， Fabian J Theis [ctb]， Nir Yosef [ctb]

维护者:David S Fischer < David。Fischer在helmholtz-muenchen。de b>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" impulse ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“ImpulseDE2”)

超文本标记语言	R脚本	ImpulseDE2装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，软件，StatisticalMethod，TimeCourse
版本	1.8.0
在Bioconductor中	BioC 3.5 (R-3.4)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase，BiocParallel，ComplexHeatmap，circlize编译器,cowplot，DESeq2，ggplot2grDevices,knitr，矩阵、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/YosefLab/ImpulseDE2/issues
这取决于我
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包档案

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源包	ImpulseDE2_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ImpulseDE2_1.8.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ImpulseDE2_1.8.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ImpulseDE2
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ impulse
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ImpulseDE2/
软件包下载报告	下载数据