NarrowPeaks

DOI:10.18129 / B9.bioc.NarrowPeaks

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见NarrowPeaks．

基于形状的芯片序列变异函数PCA分析

Bioconductor版本:3.9

该软件包将主成分分析(FPCA)的功能版本应用于:(1)通过在一组读丰富的区域(ChIP-seq峰值)上应用FPCA，以摆动轨迹格式的后处理数据，通常由通用ChIP-seq峰值调用者产生。这样做是为了研究峰值的可变性，或缩短它们的基因组位置，占浓缩评分剖面中给定的变异比例。(2)分析重复的多个ChIP-seq样本之间的差异变化。函数'narrowpeaksDiff'量化了形状之间的差异，并使用Hotelling's T2检验对函数主成分评分来识别不同条件下的显著差异。Mateos, Madrigal, et al.(2015)基因组生物学:16:31描述了该软件包在拟南芥数据集中的应用。

作者:Pedro Madrigal <生物信息学。工程师在gmail.com >，Pawel Krajewski

维护者:Pedro Madrigal <生物信息学。工程师在gmail.com >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("NarrowPeaks")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“NarrowPeaks”)

PDF	R脚本	NarrowPeaks装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，遗传学，测序，软件，转录，可视化
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (R-2.15)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，样条曲线
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，食品及药物管理局，CSAR，ICSNP
链接
建议	rtracklayer，BiocStyle，GenomicRanges，CSAR
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	NarrowPeaks_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	NarrowPeaks_1.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	NarrowPeaks_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NarrowPeaks
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NarrowPeaks
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NarrowPeaks/
包下载报告	下载数据