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DOI:10.18129 / B9.bioc.Pi

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见π．

利用遗传证据在基因和通路水平优先选择药物靶点

Bioconductor版本:3.9

优先级指数(Pi)是一种以基因组为主导的目标优先级系统，重点是利用人类遗传数据在基因、途径和网络层面对潜在药物靶点进行优先级排序。长期目标是利用这些信息加强早期目标验证。基于来自全基因组关联研究(GWAS)的疾病关联证据，该优先级系统能够产生证据，通过利用连锁不平衡(共遗传遗传变异)的知识，相关变异与基因的距离，疾病相关组织中基因表达的独立遗传关联的证据，支持鉴定负责遗传关联信号的特定调节基因(种子基因)，细胞类型和状态，以及基于全基因组捕获原代血细胞类型中hic生成的启动子相互作用体的疾病相关遗传变异和基因启动子之间物理相互作用的证据。对种子基因进行综合评分，量化遗传影响。得分的种子基因随后被用作诱饵，对种子基因和其他(非种子)基因进行排名;这是通过迭代探索基因相互作用网络的全局连通性来实现的。具有最高优先级的基因进一步用于识别/优先级高优先级基因显著富集的途径。优先级基因也被用于识别一个基因网络，该基因网络连接了高度优先级基因和最少数量的低优先级基因(它们作为连接器将高度优先级基因连接在一起)。

作者:方海，ULTRA-DD财团，Julian C Knight

维护者:Hai Fang

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Pi")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“π”)

超文本标记语言	R脚本	Pi用户手册(R/Bioconductor包装)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneTarget，遗传学，GenomeWideAssociation，GraphAndNetwork，嗝，LinkageDisequilibrium，网络，通路，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	XGR，igraph，dnet，ggplot2、图形
进口	矩阵，ggbio，GenomicRanges，GenomeInfoDb，supraHex，尺度grDevices,ggrepel，ROCR，randomForest，glmnet，Gviz，晶格，脱字符号，plot3D,统计数据
链接
建议	foreach，doParallel，BiocStyle，knitr，rmarkdown，png，GGally，gridExtra，ExpressionAtlas，ggforce，fgsea，pathview，tidyr，dplyr
SystemRequirements
增强了
URL	http://pi314.r-forge.r-project.org
BugReports	https://github.com/hfang-bristol/Pi/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Pi_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	Pi_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Pi_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Pi
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Pi
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Pi/
软件包下载报告	下载数据