河
DOI:10.18129 / B9.bioc.RIVER
这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅河。
R包河(RNA-Informed变异影响监管)
Bioconductor版本:3.9
概率建模的实现框架,共同分析个人基因组和转录组数据的概率估计监管的影响,个人的一个变体。基于生成模型,假定基因组注释,如一个变种的位置对监管元素,确定先验概率的变体是功能性监管的一个变体,它是一个未被注意的变量。功能性监管变异状态影响邻近基因是否可能会显示异常的基因表达水平的人。有关更多信息,请参见河网站、文档和例子。
作者:Yungil金(aut (cre),亚历克西斯战斗(aut)
维修工:Yungil金< ipw012 gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“河”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“河”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“河”)
| HTML | R脚本 | 河 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 贝叶斯,BiomedicalInformatics,聚类,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,GeneExpression,GeneRegulation,GeneticVariability,遗传学,GenomicVariation,回归,单核苷酸多态性,软件,SystemsBiology,转录,TranscriptomeVariant,转录组 |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.5 (r - 3.4)(2.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.3.2) |
| 进口 | glmnet,pROC,ggplot2、图表、数据、Biobase、方法、跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,devtools |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ipw012/RIVER |
| BugReports | https://github.com/ipw012/RIVER/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | RIVER_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | RIVER_1.8.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | RIVER_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RIVER |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/河 |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/RIVER/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
