rnaseqr
doi：10.18129/b9.bioc.rnaseqr
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅rnaseqr。
RNASEQR：用于自动化两组RNA-Seq分析工作流程的R软件包
生物导体版本：3.9
该R软件包设计用于病例对照RNA-Seq分析（两组）。有六个步骤：“ RNASEQRPARAM S4对象创建”，“环境设置”，“质量评估”，“读取和量化”，“基因级差分分析”和“功能分析”。每个步骤都对应于此软件包中的功能。按顺序运行功能后，将轻松进行基本的RNASEQ分析。
作者：kuan-hao chao
维护者：gmail.com>
引用（从r内，输入引用（“ rnaseqr”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rnaseqr”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ rnaseqr”）
| html | R脚本 | 基于一个独立变量的RNA-seq分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，聚类，，，，DataImport，，，，差异性，，，，实验设计，，，，功能性预测，，，，去，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，基础设施，，，，kegg，，，，正常化，，，，途径，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，可视化 |
| 版本 | 1.2.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（1年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.5.0），GGPLOT2，，，，PathView，，，，EDGER， 方法 |
| 进口 | rsamtools， 工具，网状，，，，舞会礼服，，，，栅格，，，，拉法里布，，，，Factominer，，，，事实，，，，Corrplot，，，，表演，，，，RESHAPE2，，，，deseq2，，，，Systempiper，，，，SystemPiperData，，，，clusterProfiler，，，，org.hs.eg.db，，，，org.sc.sgd.db，，，，Stringr，，，，pheatmap，grdevices，图形，统计，utils，剂量，，，，生物弦， 平行 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，PNG， 网格，rnaseqrdata |
| 系统要求 | RNASEQR仅支持Linux和MacOS。不支持窗口。强烈建议使用Python2。如果您的计算机是Python3，请确保可用“ 2to3”命令。 |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/howardchao/rnaseqr |
| BugReports | https://github.com/howardchao/rnaseqr/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | rnaseqr_1.2.1.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | rnaseqr_1.2.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/rnaseqr |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/rnaseqr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
