该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅肋骨蛋白。
生物导体版本:3.9
从BAM文件开始,此软件包提供了质量评估,读取启动位置重新校准的必要功能频率和覆盖范围评估,密码子覆盖范围的主要成分分析。
作者:Alexandra Popa
维护者:a。popa
引用(从r内,输入引用(“肋骨蛋白”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ riboprofiling”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Riboprofiling”)
R脚本 | 用“ Riboprofiling”软件包分析Ribo-Seq数据 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 结盟,,,,覆盖范围,,,,委托人,,,,QualityControl,,,,核糖,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.14.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.2(R-3.2)(4年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.2.2),生物弦 |
进口 | 生物基因,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,iranges,,,,RESHAPE2,,,,GenomicFeatures, 网格,plyr,,,,S4VECTORS,,,,基因组签名,,,,GGPLOT2,,,,GGBIO,,,,rsamtools,,,,rtracklayer,,,,Data.Table,,,,SQLDF |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,生物使用,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,测试,,,,总结性特征 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | riboprofiling_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | riboprofiling_1.14.0.zip(仅64位) |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | riboprofiling_1.14.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/riboprofiling |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/肋骨填充 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/riboprofling/ |
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