肋骨蛋白

doi:10.18129/b9.bioc.Ribopofiling

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅肋骨蛋白

核糖体分析数据分析:从BAM到数据表示和解释

生物导体版本:3.9

从BAM文件开始,此软件包提供了质量评估,读取启动位置重新校准的必要功能频率和覆盖范围评估,密码子覆盖范围的主要成分分析。

作者:Alexandra Popa

维护者:a。popa

引用(从r内,输入引用(“肋骨蛋白”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ riboprofiling”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Riboprofiling”)

PDF R脚本 用“ Riboprofiling”软件包分析Ribo-Seq数据
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,覆盖范围,,,,委托人,,,,QualityControl,,,,核糖,,,,测序,,,,软件
版本 1.14.0
在生物导体中 Bioc 3.2(R-3.2)(4年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.2.2),生物弦
进口 生物基因,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,iranges,,,,RESHAPE2,,,,GenomicFeatures, 网格,plyr,,,,S4VECTORS,,,,基因组签名,,,,GGPLOT2,,,,GGBIO,,,,rsamtools,,,,rtracklayer,,,,Data.Table,,,,SQLDF
链接
建议 尼特,,,,生物使用,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,测试,,,,总结性特征
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 riboprofiling_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 riboprofiling_1.14.0.zip(仅64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) riboprofiling_1.14.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/riboprofiling
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/肋骨填充
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/riboprofling/
软件包下载报告 下载统计

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