sgseq
doi：10.18129/b9.bioc.sgseq
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅sgseq。
RNA-SEQ数据的剪接事件预测和量化
生物导体版本：3.9
SGSEQ是一个软件包，用于分析RNA-Seq数据中的剪接事件。输入数据是RNA-seq读取的映射到BAM格式的参考基因组。基因表示为剪接图，可以从现有注释中获得或从映射序列读取中预测。剪接事件是从图中鉴定出的，并在每个剪接变体的开始或结束时使用结构兼容的读数在本地进行量化。该软件包括用于剪接事件预测，量化，可视化和解释的功能。
作者：伦纳德·戈德斯坦
维护者：伦纳德·戈德斯坦（Leonard Goldstein）
引用（从r内，输入引用（“ sgseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ sgseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ sgseq”）
| html | R脚本 | sgseq |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 替代方案，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，软件，，，，转录 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | iranges（> = 2.13.15），基因组机（> = 1.31.10），rsamtools（> = 1.31.2），总结性特征， 方法 |
| 进口 | AnnotationDbi，，，，生物基因，，，，生物弦（> = 2.47.6），基因组签名（> = 1.15.7），GenomicFeatures（> = 1.31.5），GenomeInfodB，，，，运行，，，，S4VECTORS（> = 0.17.28），grdevices，图形，Igraph， 平行，rtracklayer（> = 1.39.7），统计 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | EventPointer |
| 进口我 | RHISAT2 |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | sgseq_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | sgseq_1.18.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | sgseq_1.18.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sgseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/sgseq |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/sgseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
