simlr
doi：10.18129/b9.bioc.simlr
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅simlr。
通过多内核学习（SIMLR）的单细胞解释
生物导体版本：3.9
单细胞RNA-seq技术可实现单个细胞的高通量基因表达测量，并允许在细胞群体中发现异质性。细胞对细胞基因表达相似性的测量对于鉴定，可视化和分析细胞种群至关重要。但是，由于噪声，离群值和辍学水平高，单细胞数据引入了基因表达相似性的常规度量挑战。我们开发了一个新颖的相似性学习框架SIMLR（通过多内核学习的单细胞解释），该框架从数据中学习了适当的距离度量，以减少尺寸，聚类和可视化。
作者：Daniele Ramazzotti [AUT，CRE]，Bo Wang [AUT]，Luca de Sano [aut]，Serafim Batzoglou [CTB]
维护者：luca de sano
引用（从r内，输入引用（“ simlr”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ simlr”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ simlr”）
| R脚本 | 通过多内核学习（\ biocpkg {simlr}）的单细胞解释 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | 聚类，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（3年） |
| 执照 | 文件许可证 |
| 要看 | R（> = 3.6） |
| 进口 | 平行，矩阵，统计，方法，RCPP，，，，pracma，，，，rcppannoy，，，，rspectra |
| 链接 | RCPP |
| 建议 | 生物基因，，，，生物使用，，，，测试，，，，尼特，，，，Igraph |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/batzogloulabsu/simlr |
| BugReports | https://github.com/batzogloulabsu/simlr |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | simlr_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | simlr_1.10.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | simlr_1.10.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simlr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/simlr |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/simlr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
