SeqSQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqSQC

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SeqSQC．

用于下一代测序数据的样品质量检查的生物导体包

Bioconductor版本:3.9

SeqSQC设计用于识别NGS数据中的问题样本，包括性别不匹配、污染、隐相关性和群体离群值的样本。

作者:刘谦[aut, cre]

维护者:Qian Liu

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SeqSQC”)

超文本标记语言	R脚本	用SeqSQC对下一代测序数据进行样本质量检查
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	实验数据，基因组，Homo_sapiens_Data，Project1000genomes，测序数据，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor公司	BioC 3.6 (R-3.4)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)，ExperimentHub(> = 1.3.7),SNPRelate(> = 1.10.2)
进口	e1071，GenomicRanges，gdsfmt，ggplot2，GGally，IRanges、方法、rbokeh，RColorBrewer，reshape2，rmarkdown，S4Vectors，统计，效用
链接
建议	BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC
BugReports	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SeqSQC_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SeqSQC_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SeqSQC_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SeqSQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqSQC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SeqSQC/
软件包下载报告	下载数据