SomaticSignatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.SomaticSignatures

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见SomaticSignatures．

体细胞签名

Bioconductor版本:3.9

SomaticSignatures包识别单核苷酸变体(SNVs)的突变签名。它提供了与Nik-Zainal (2012, Cell)中描述的方法相关的基础设施，具有矩阵分解算法的灵活性。

作者:朱利安·格林

维护者:Julian Gehring

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SomaticSignatures")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SomaticSignatures”)

超文本标记语言	R脚本	SomaticSignatures
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，GenomicVariation，测序，软件，SomaticMutation，StatisticalMethod，可视化
版本	2.20.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(5.5年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.1.0)，VariantAnnotation，GenomicRanges，NMF
进口	S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，Biostrings，ggplot2，ggbio，reshape2，NMF，pcaMethods，Biobase、方法、代理
链接
建议	testthat，knitr平行,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5，SomaticCancerAlterations，ggdendro，fastICA，股东价值分析
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/juliangehring/SomaticSignatures
BugReports	https://support.bioconductor.org
全靠我
进口我	Rariant，YAPSA
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SomaticSignatures_2.20.0.tar.gz
Windows二进制	SomaticSignatures_2.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SomaticSignatures_2.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SomaticSignatures
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SomaticSignatures
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SomaticSignatures/
软件包下载报告	下载数据