SummarizedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SummarizedExperiment

这个包是3.9版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见SummarizedExperiment。

SummarizedExperiment容器

Bioconductor版本:3.9

summarizeexperiment容器包含一个或多个分析，每个分析都由数字或其他模式的类似矩阵的对象表示。行通常表示感兴趣的基因组范围，列表示样本。

作者:马丁·摩根，瓦莱丽·奥本尚，吉姆·赫斯特，赫弗瑞·帕格瑞斯

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" summarizedexexperiment ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“SummarizedExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	1.用于协调实验分析，样品和感兴趣区域的总结实验
超文本标记语言	R脚本	2.扩展summarizeexperiment类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.14.1
在Bioconductor中	BioC 3.2 (R-3.2)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.2)，方法;GenomicRanges(> = 1.33.6),Biobase，DelayedArray(> = 0.3.20)
进口	Utils，统计数据，工具，矩阵，BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.16),GenomeInfoDb(> = 1.13.1)
链接
建议	注释，AnnotationDbi，hgu95av2.db，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BiocStyle，knitr，rmarkdown，消化，jsonlite，rhdf5，HDF5Array(> = 1.7.5),气道，RUnit，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	AffiXcan，气道，AllelicImbalance，BDMMAcorrect，BiocSklearn，BiSeq，bnbc，bodymapRat，bsseq，CAGEfightR，celaref，clusterExperiment，coseq，csaw，curatedAdipoChIP，curatedAdipoRNA，DaMiRseq，德科，deepSNV，DeMixT，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffcoexp，diffHic，散度，DMCHMM，DREAM4，dsQTL，ENmix，EnrichmentBrowser，epigenomix，evaluomeR，EventPointer，ExpressionAtlas，裂变，FlowSorted.Blood.EPIC，FlowSorted.CordBloodCombined.450k，GenoGAM，GenomicAlignments，GenomicFiles，genoset，geuvPack，GRmetrics，GSEABenchmarkeR，HDCytoData，HelloRanges，hipathia，HMP16SData，InTAD，InteractionSet，感兴趣，iSEE，isomiRs，ivygapSE，JunctionSeq，lipidr，LoomExperiment，工商管理硕士，MetaGxBreast，MetaGxOvarian，methylPipe，microRNAome，minfi，miRmine，mpra，MultiAssayExperiment，NADfinder，NBAMSeq，先驱者，parathyroidSE，PowerExplorer，profileplyr，重新计票，REMP，restfulSE，restfulSEData，RIPSeeker，rqt，runibic，sampleClassifierData，Scale4C，司康饼，scRNAseq，SDAMS，SGSeq，simulatorZ，SingleCellExperiment，singleCellTK，soGGi，sRACIPE，经验丰富的人，SummarizedBenchmark，survtype，TimeSeriesExperiment，TissueEnrich，TNBC。CMS，VanillaICE，VariantAnnotation，山药，zinbwave
进口我	亚当，适应，ALDEx2，高山，anamiR，微生物，anota2seq，apeglm，appreci8R，亚瑟士，AUCell，基础知识，后面;，bayNorm，BBCAnalyzer，BiocOncoTK，biotmle，biovizBase，BiSeq，BloodCancerMultiOmics2017，brgedata，BUMHMM，BUScorrect，篮球选手，CAMTHC，催化剂，ccfindR，celda，CellMixS，CellTrails，负责，印度豹，ChIPpeakAnno，chromVAR，CLLmethylation，CNPBayes，CNVRanger，coexnet，CoGAPS，compartmap，consensusDE，CopyNumberPlots，COSMIC.67，countsimQC，curatedTCGAData，cydar，DChIPRep，debrowser，DEComplexDisease，decompTumor2Sig，反编排，DEGreport，部，DEScan2，命运，diffcyt，DiscoRhythm，DominoEffect，doppelgangR，定量给料器，easyRNASeq，埃尔默，ensemblVEP，epivizrData，erma，FCBF，鱼池，FourCSeq，空对空导弹，GenomicDataCommons，GGBase，ggbio，glmSparseNet，GNET2，gQTLBase，gQTLstats，GreyListChIP，gwasurvivr，HTSeqGenie，HumanTranscriptomeCompendium，iasva，icetea，理想的，IHWpaper，ImpulseDE2，infercnv，检查，InterMineR，iteremoval，LineagePulse，M3D，MADSEQ，桅杆，mbkmeans，mCSEA，餐，MetaGxPancreas，MetaNeighbor，methyAnalysis，MethylAid，methylumi，methyvim，MinimumDistance，miRLAB，miRSM，MLSeq，MoonlightR，motifbreakR，motifmatchr，MPRAnalyze，msgbsR，MTseeker，MultiDataSet，multiOmicsViz，MutationalPatterns，MWASTools，netSmooth，NormalyzerDE，oligoClasses，omicRexposome，OmicsLonDA，omicsPrint，oncomix，OVESEG，PAIRADISE，pcaExplorer，phemd，phenopath，psichomics，PureCN，qsmooth，R453Plus1Toolbox，RaggedExperiment，RareVariantVis，RcisTarget，readat，regionReport，regsplice，rgsepd，Rmmquant，咆哮，rScudo，RTCGAToolbox，研制，SC3，嘘，scDD，scds，scfind，scmap，scMerge，scmeth，SCnorm，scoreInvHap，scPipe，食物，颈背，scTensor，seqCAT，sigFeature，singscore，SingscoreAMLMutations，激流回旋，弹弓，紧身的，SNPchip，SNPhood，SpatialCPie，飞溅，srnadiff，SVAPLSseq，switchde，systemPipeR，TCGAbiolinks，TCGAbiolinksGUI，TCGAutils，TCGAWorkflow，TCGAWorkflowData，TCseq，tenXplore，ToPASeq，TreeSummarizedExperiment，时尚的，TSRchitect，TTMap，TVTB，tximeta，TxRegInfra，VariantFiltering，vidger，yriMulti，zFPKM
建议我	AnnotationHub，biobroom，biotmleData，CAGEWorkflow，dcanr，DelayedArray，DuoClustering2018，epivizr，epivizrChart，esetVis，GENIE3，GenomicRanges，Glimma，globalSeq，gsean，HDF5Array，interactiveDisplay，methyvimData，MSnbase，pathprint，pathprintGEOData，pathwayPCA，podkat，RforProteomics，RiboProfiling，S4Vectors，scFeatureFilter，semisup，芝麻，StructuralVariantAnnotation，TFutils，tissueTreg
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	SummarizedExperiment_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	SummarizedExperiment_1.14.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SummarizedExperiment_1.14.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ summarizeexperiment
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SummarizedExperiment/
软件包下载报告	下载数据