Artms

doi:10.18129/b9.bioc.artms

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Artms

质谱分析R工具

生物导体版本:3.9

ARTMS提供了一组用于分析蛋白质组学标签数据集的工具。它以最大搜索结果输出(证据.txt文件)为输入,并执行质量控制,使用MSSTATS,下游分析和集成。ARTMS还提供了一组功能来重新格式化并与其他分析工具兼容,包括Saintq,SaintExpress,Phosfate和Photon。检查[http://artms.org](http://artms.org)以获取详细信息。

作者:David Jimenez-Morales,Alexandre Rosa Campos,John von Dollen。

维护者:David Jimenez-Morales

引用(从r内,输入引用(“ Artms”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ artms”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Artms”)

html R脚本 学习使用Artms
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 注解,,,,生物医学信息学,,,,聚类,,,,差异性,,,,基因烯,,,,免疫学,,,,质谱,,,,多重组合,,,,正常化,,,,蛋白质组学,,,,QualityControl,,,,软件,,,,系统生物学
版本 1.2.7
在生物导体中 Bioc 3.8(R-3.5)(1年)
执照 GPL(> = 3) +文件许可证
要看 R(> = 3.6.0)
进口 AnnotationDbi,,,,Biomart,,,,位64,,,,循环,,,,,,,,复杂的图像,,,,Corrplot,,,,Data.Table,,,,dplyr,,,,事实,,,,Factominer,,,,getopt,,,,ggdendro,,,,GGPLOT2,,,,GPLOTS,,,,Ggrepel,,,,Gprofiler,图形,grdevices,网格,林玛,,,,MSSTATS,,,,OpenXLSX,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,表演,,,,pheatmap,,,,情节,,,,plyr,,,,rcolorbrewer,,,,,,,,seqinr,统计Stringr,,,,花花公子,,,,insctr,utils,Venndiagram,,,,Yaml
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试
系统要求
增强
URL https://github.com/biodavidjm/artms
BugReports https://github.com/biodavidjm/artms/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 artms_1.2.7.ta​​r.gz
Windows二进制 artms_1.2.7.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) artms_1.2.7.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/artms
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/artms
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/artms/
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