后面;

DOI:10.18129 / B9.bioc.batchelor

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅后面;。

单细胞批校正方法

Bioconductor版本:3.9

实现批处理的各种方法单细胞测序(RNA)数据的修正。这包括基于检测方法相互最近的邻居以及简单的人口意味着sparsity-preserving翻译。功能还提供了全球尺度改变去除深度批次之间的差异,并进行主成分分析,健壮的差异在不同的批次数量的细胞。

作者:亚伦Lun (aut (cre)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“确定”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“确定”)

HTML	R脚本	1。纠正批处理效果
HTML	R脚本	2。扩展方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	BatchEffect,GeneExpression,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	SummarizedExperiment,S4Vectors,BiocGenerics,Rcpp、统计数据、方法BiocNeighbors,BiocSingular,矩阵,DelayedArray,DelayedMatrixStats,嘘,BiocParallel
链接	Rcpp,beachmat
建议	testthat,BiocStyle,knitr,beachmat,scRNAseq
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	simpleSingleCell
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	batchelor_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	batchelor_1.0.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	batchelor_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/batchelor
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/后面
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/batchelor/
包下载报告	下载数据