该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅魅力。
生物导体版本:3.9
该软件包实现了使用Nimblegen微阵列和MCRBC协议生成的DNA甲基化数据的分析工具。它发现样品之间差异化甲基化区域,计算甲基化百分比,并包括阵列质量评估工具。
作者:马丁·阿里(Martin Aryee),彼得·穆拉卡米(Peter Murakami),哈里斯·贾菲(Harris Jaffee)
维护者:peter Murakami
引用(从r内,输入引用(“魅力”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ charm”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“魅力”)
R脚本 | 魅力小插图 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | DNAMETHYLATY,,,,微阵列,,,,软件 |
版本 | 2.29.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.6(R-2.11)(9。5年) |
执照 | LGPL(> = 2) |
要看 | r(> = 2.14.0),生物酶,,,,SQN,,,,字段,,,,rcolorbrewer,,,,GeneFilter |
进口 | BSGENOME,,,,生物酶,,,,奥利戈(> = 1.11.31),寡群(> = 1.17.39),ff,,,,预处理,方法,统计,生物弦,,,,iranges,,,,siggenes,,,,NOR1MIX,,,,gtools,grdevices,图形,utils,林玛, 平行,SVA(> = 3.1.2) |
链接 | |
建议 | Charmdata,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18,,,,公司 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | Charmdata |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | charm_2.29.0.tar.gz |
Windows二进制 | charm_2.29.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | charm_2.29.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/charm |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/魅力 |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/charm/ |
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