chromswitch

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromswitch

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见chromswitch．

从表观基因组数据中检测染色质状态开关的R包

Bioconductor版本:3.9

Chromswitch实现了一种灵活的方法，用于检测在特定基因组区域的两种生物条件下的样品之间的染色质状态切换，该区域具有来自ChIP-seq数据的给定峰值或染色质状态调用。

作者:Selin Jessa [aut, cre]， Claudia L. Kleinman [aut]

维护者:Selin Jessa

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("chromswitch")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“chromswitch”)

超文本标记语言	R脚本	介绍用于检测染色质状态开关的“chromswitch”
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DifferentialPeakCalling，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，HistoneModification，ImmunoOncology，MultipleComparison，软件，转录
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(2年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.4)，GenomicRanges(> = 1.26.4)
进口	集群(> = 2.0.6),Biobase(> = 2.36.2),BiocParallel(> = 1.8.2),dplyr(> = 0.5.0),gplots(>= 3.0.1)，图形，grDevices，IRanges(> = 2.4.8),lazyeval(> = 0.2.0),matrixStats(> = 0.52),magrittr(>= 1.5)，方法NMF(> = 0.20.6),rtracklayer(> = 1.36.4),S4Vectors(>= 0.14.4)， stats，tidyr(> = 0.6.3)
链接
建议	BiocStyle，DescTools(> = 0.99.19),devtools(> = 1.13.3),GenomeInfoDb(> = 1.16.0),knitr，rmarkdown，mclust(> = 5.3),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sjessa/chromswitch
BugReports	https://github.com/sjessa/chromswitch/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	chromswitch_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	chromswitch_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	chromswitch_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromswitch
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chromswitch
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chromswitch/
软件包下载报告	下载数据