cpvSNP

DOI:10.18129 / B9.bioc.cpvSNP

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见cpvSNP．

SNP关联p值在给定基因集中的基因中的基因集分析方法

Bioconductor版本:3.9

现有的基因集分析方法将snp水平的关联p值合并到基因集中，为每个基因集计算单个关联p值。这个包实现了两个这样的方法，只需要计算的SNP p值、感兴趣的基因集和一个相关矩阵(如果需要)。一种方法(GLOSSI)需要独立的snp，另一种方法(VEGAS)可以考虑snp之间的相关性(LD)。内置绘图功能可帮助用户可视化结果。

作者:凯特琳·麦克休，杰西卡·拉尔森，杰森·哈克尼

维护者:Caitlin McHugh

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“cpvSNP”)

PDF	R脚本	使用“cpvSNP”软件包运行基因集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，遗传学，GenomicVariation，通路，软件，StatisticalMethod
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),GenomicFeatures，GSEABase(> = 1.24.0)
进口	方法,corpcor，BiocParallel，ggplot2，plyr
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，RUnit，BiocGenerics，ReportingTools，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	cpvSNP_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	cpvSNP_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	cpvSNP_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cpvSNP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cpvSNP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/cpvSNP/
包下载报告	下载数据