crossmeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.crossmeta

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见crossmeta．

微阵列数据的跨平台元分析

Bioconductor版本:3.9

实现Affymentrix、Illumina和Agilent微阵列数据的跨平台和跨物种元分析。这个包自动执行一些常见任务，如下载、规范化和注释原始GEO数据。然后，用户选择对照和处理样本，以便对所有比较进行差异表达/通路分析。在分别分析每个对比之后，用户可以为每个对比选择组织来源，并指定任何组织来源，这些组织来源应该被分组用于后续的元分析。最后，可以进行效应量和途径元分析，并对结果进行图形化探索。

作者:亚历克斯·皮克林

维护者:Alex Pickering

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("crossmeta")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“crossmeta”)

超文本标记语言	R脚本	crossmeta装饰图案
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	注释，BatchEffect，DifferentialExpression，GUI，GeneExpression，微阵列，OneChannel，预处理，软件，TissueMicroarray，转录
版本	1.10.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5)
进口	affy(> = 1.52.0),affxparser(> = 1.46.0),AnnotationDbi(> = 1.36.2),Biobase(> = 2.34.0),BiocGenerics(> = 0.20.0),BiocManager(> = 1.30.4),ccmap，DT(> = 0.2),DBI(> = 1.0.0),data.table(> = 1.10.4),doParallel(> = 1.0.10),doRNG(> = 1.6),foreach(> = 3),fdrtool(> = 1.2.15),ggplot2(> = 2.2.1),GEOquery(> = 2.40.0),limma(> = 3.30.13),matrixStats(> = 0.51.0),metaMA(> = 3.1.2),metap(> = 0.8),miniUI(> = 0.1.1),益生元(> = 1.38.0),情节(> = 4.5.6),重塑(> = 0.8.6),读者(> = 1.0.6),RColorBrewer(> = 1.1.2),RCurl(> = 1.95.4.11),RSQLite(> = 2.1.1),rdrop2(> = 0.7.0),stringr(> = 1.2.0),股东价值分析(> = 3.22.0),闪亮的(>= 1.0.0)， stats (>= 3.3.3)，XML(> = 3.98.1.17)
链接
建议	knitr，rmarkdown，lydata，org.Hs.eg.db，testthat，ccdata
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	ccmap
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	crossmeta_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	crossmeta_1.10.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	crossmeta_1.10.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crossmeta
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/crossmeta
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/crossmeta/
软件包下载报告	下载数据