gpart软件

DOI:10.18129 / B9.bioc.gpart

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见gpart软件．

通过识别单倍型块对人类基因组密集测序数据进行划分

Bioconductor版本:3.9

我们提出了一种新的SNP序列划分方法，该方法既根据SNP序列的块结构又根据基因位置信息对整个SNP序列进行划分。GPART的LD块构建使用Big-LD算法进行，并对Kim等人(2017)报道的前一个版本进行了额外改进。我们还添加了一个可视化工具来显示LD热图，包含包中的LD块边界和基因位置信息。

作者:Sun Ah Kim [aut, cre, cph]， Yun Joo Yoo [aut, cph]

维护者:Sun Ah Kim

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“gpart软件”)

超文本标记语言	R脚本	你的小插图标题
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R(>= 3.5.0)，网格，Homo.sapiens，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
进口	igraph，biomaRt，Rcpp，data.table，OrganismDbi，AnnotationDbi， grDevices, stats, utils，GenomicRanges，IRanges
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	gpart_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	gpart_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	gpart_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gpart
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gpart软件
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/gpart/
包下载报告	下载数据