htSeqTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.htSeqTools

这个包是Bioconductor的3.9版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅htSeqTools

质量控制、可视化和高通量测序数据的处理

Bioconductor版本:3.9

我们提供高效、易用的工具,用于高通量测序(ChIP-seq RNAseq等等)。这些包括MDS情节(PCA)类似物,检测效率低下immuno-precipitation或over-amplification工件,工具来识别和检测基因组,积累读取大的区域,和可视化的配置文件。

作者:Evarist星球,卡米尔Stephan-Otto,奥斯卡雷纳,奥斯卡弗洛雷斯,大卫Rossell

维护人员:奥斯卡雷纳<奥斯卡。雷纳在irbbarcelona.org >

从内部引用(R,回车引用(“htSeqTools”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“htSeqTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“htSeqTools”)

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细节

biocViews 质量控制,测序,软件
版本 1.31.0
Bioconductor自 BioC 2.9 (r - 2.14)(8年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R(> = 2.12.2)、方法BiocGenerics(> = 0.1.0),Biobase,S4Vectors,IRanges、方法、质量,BSgenome,GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.17.11)
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了 同时,多核
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包 htSeqTools_1.31.0.tar.gz
Windows二进制 htSeqTools_1.31.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) htSeqTools_1.31.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/htSeqTools
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ htSeqTools
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/htSeqTools/
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