metagene2

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagene2

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见metagene2．

用于产生元基因图的软件包

Bioconductor版本:3.9

该软件包生成元基因图，以比较在选定的基因组区域组测序实验的覆盖范围。它可以用于诸如评估dna相互作用蛋白在启动子区域的结合或测量基因长度上的反义转录等分析。metagene2包可以管理分析的所有方面，从覆盖的标准化到根据实验元数据绘制图形。自举分析用于提供每个样本平均覆盖率的置信区间。

作者:Eric Fournier [cre, aut]， Charles Joly Beauparlant [aut]， Cedric Lippens [aut]， Arnaud Droit [aut]

维护者:Eric Fournier < Fournier . Eric。2 at crchudequebeck . ulval .ca>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("metagene2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“metagene2”)

超文本标记语言	R脚本	介绍metagene2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，遗传学，MultipleComparison，测序，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6)，R6(> = 2.0),GenomicRanges，BiocParallel
进口	rtracklayer、工具、GenomicAlignments，GenomeInfoDb，IRanges，ggplot2，Rsamtools，DBChIP，purrr，data.table、方法、dplyr，magrittr
链接
建议	BiocGenerics，RUnit，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ArnaudDroitLab/metagene2/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	metagene2_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	metagene2_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	metagene2_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagene2
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metagene2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/metagene2/
软件包下载报告	下载数据