甲基分析

doi:10.18129/b9.bioc.Methyanalysis

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅甲基分析

DNA甲基化数据分析和可视化

生物导体版本:3.9

甲基分析套件旨在进行DNA甲基化数据分析和可视化。定义了Methygenoset类,以将染色体位置信息与数据保持一致。该软件包还包括估计Methy-Seq数据中甲基化水平的功能。

作者:Pan Du,Richard Bourgon

维护者:pan du ,lei huang ,gang feng feng

引用(从r内,输入引用(“甲基分析”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ methyanalysis”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“甲基分析”)

PDF R脚本 甲基分析套件的介绍
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DNAMETHYLATY,,,,微阵列,,,,软件,,,,可视化
版本 1.26.0
在生物导体中 Bioc 2.11(R-2.15)(7年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.10),网格,生物基因,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,生物酶(> = 2.34.0),org.hs.eg.db
进口 grdevices,统计,utils,Lumi,,,,甲基菌,,,,GVIZ,,,,Genoset,,,,总结性特征,,,,iranges,,,,基因组机,,,,变体,,,,rtracklayer,,,,GenomicFeatures,,,,注释,,,,生物酶(> = 2.5.5),AnnotationDbi,,,,GeneFilter,,,,Biomart,方法,并行
链接
建议 FDB.Infinium -Methylation.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我 甲基菌
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Methyanalysis_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 Methyanalysis_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) Methyanalysis_1.26.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methyanalysis
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/甲基分析
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/methyanalysis/
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