methyvim

DOI:10.18129 / B9.bioc.methyvim

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见methyvim．

有针对性的，稳健的，无模型的差异甲基化分析

Bioconductor版本:3.9

该软件包提供了基于可变重要性度量(VIMs)的差异甲基化分析工具，VIMs是因果推断中出现的一类统计目标参数。所提供的估计和推断程序是非参数的，依靠集成机器学习来灵活地评估协变量和感兴趣的结果之间的函数关系。这些工具可以应用于CpG位点水平的差异甲基化，以获得有效的统计推断，即使是在多个假设检验校正后。

作者:尼玛·赫贾兹[aut, cre, cph]，马克·范德拉安[aut, ths]，艾伦·哈伯德[ctb, ths]，瑞秋·菲利普斯[ctb]

维护者:Nima Hejazi

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methyvim”)

超文本标记语言	R脚本	差异甲基化分析的目标数据自适应估计和推断
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DNAMethylation，DifferentialMethylation，MethylSeq，MethylationArray，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(2年)
许可证	文件许可
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	统计数据,集群、方法、ggplot2，ggsci，gridExtra，过热，dplyr，gtools，tmle，未来，doFuture，S4Vectors，BiocGenerics，BiocParallel，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，bumphunter，IRanges，limma，minfi
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，SuperLearner，地球，nnet，gam，手臂，雪平行,BatchJobs，minfiData，methyvimData
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/nhejazi/methyvim
BugReports	https://github.com/nhejazi/methyvim/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	methyvim_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	methyvim_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	methyvim_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methyvim
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methyvim
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methyvim/
软件包下载报告	下载数据