该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅NGSReports。
生物导体版本:3.9
该软件包提供了从其他NGS工具中解析FASTQC报告和输出摘要的方法和对象类,并可视化从这些文件中加载的数据。
作者:史蒂夫·佩德森[AUT,CRE],克里斯托弗·沃德[aut],thu-hien [aut]
维护者:史蒂夫·佩德森(Steve Pederson)
引用(从r内,输入引用(“ ngsreports”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ngsreports”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ NGSReports”)
html | R脚本 | NGSReports的简介 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | QualityControl,,,,报告写作,,,,软件 |
版本 | 1.0.1 |
在生物导体中 | Bioc 3.9(R-3.6)(<6个月) |
执照 | 文件许可证 |
要看 | 生物基因,,,,GGPLOT2,,,,蒂布尔(> = 1.3.1) |
进口 | 生物弦,,,,检查员,,,,dplyr(> = 0.8.0),ggdendro,grdevices,网格,KableExtra,,,,橄榄酸, 方法,潘德, 平行,情节,,,,readr,,,,RESHAPE2,,,,rmarkDown,,,,rsamtools,,,,秤,,,,Shortread,统计Stringr,,,,花花公子,,,,tidyselect(> = 0.2.3),truncnorm,utils,Viridislite,,,,xvector,,,,动物园 |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,开罗,,,,尼特,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/uofabioinformaticshub/ngsreports |
BugReports | https://github.com/uofabioinformaticshub/ngsreports/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | NGSReports_1.0.1.tar.gz |
Windows二进制 | ngsreports_1.0.1.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | NGSReports_1.0.1.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ngsreports |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/ngsreports |
包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/ngsreports/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |