primirTSS

DOI:10.18129 / B9.bioc.primirTSS

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见primirTSS．

primirna转录起始位点的预测

Bioconductor版本:3.9

一种快速、方便的工具，通过集成H3K4me3和Pol II的数据，并结合保存级别和序列特征，在命令行和图形界面中提供，实现了比以前的非细胞特定的miRNA TSSs的更好的性能。

作者:李普民[aut, cre]，徐琪[aut]

维护人员:李普民

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("primirTSS")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“primirTSS”)

超文本标记语言	R脚本	primirTSS
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，遗传学，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，测序，软件，转录
版本	1.2.0
在Bioconductor公司	BioC 3.8 (R-3.5)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	GenomicRanges(> = 1.32.2),S4Vectors(> = 0.18.2),rtracklayer(> = 1.40.3),dplyr(> = 0.7.6),stringr(> = 1.3.1),tidyr(> = 0.8.1),Biostrings(> = 2.48.0),purrr(> = 0.2.5),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38(> = 1.4.1),phastCons100way.UCSC.hg38(> = 3.7.1),GenomicScores(> = 1.4.1),闪亮的(> = 1.0.5),Gviz(> = 1.24.0),BiocGenerics(> = 0.26.0),IRanges(> = 2.14.10),TFBSTools(> = 1.18.0),JASPAR2018(> = 1.1.1),宠物猫(> = 1.4.2),R.utils(>= 2.6.0)， stats, utils
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ipumin/primirTSS
BugReports	http://github.com/ipumin/primirTSS/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	primirTSS_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	primirTSS_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	primirTSS_1.2.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/primirTSS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/primirTSS
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/primirTSS/
软件包下载报告	下载数据