rCGH

DOI:10.18129 / B9.bioc.rCGH

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见rCGH．

基于数组的CGH数据分析与可视化的综合管道

Bioconductor版本:3.9

一个全面的管道，用于分析和交互式可视化通过商业或自定义aCGH阵列生成的基因组档案。作为输入，rCGH支持安捷伦双色特征提取文件(.txt)，从44到400K, Affymetrix SNP6.0和从ChAS或Affymetrix Power Tools导出的cytoScanHD probeset.txt, cychp.txt和cnchp.txt文件。rCGH还支持自定义数组，只要数据符合预期的格式。该软件包接管了个人基因组轮廓分析所需的所有步骤，从读取文件到轮廓分割和基因注释。这个包还提供了几个可视化函数(静态的或交互式的)，以促进个人概要文件的解释。输入文件可以是压缩格式，例如.bz2或.gz。

作者:弗雷德里克·科莫[aut, cre]

维护者:Frederic Commo

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("rCGH")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rCGH”)

PDF	R脚本	使用rCGH包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，FeatureExtraction，预处理，软件，aCGH
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.4)，方法，统计，utils，图形
进口	plyr，DNAcopy，晶格，ggplot2、网格闪亮的(> = 0.11.1),limma，affy，mclust，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，org.Hs.eg.db，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，GenomicRanges，AnnotationDbi平行,IRangesgrDevices,aCGH
链接
建议	BiocStyle，knitr，BiocGenerics，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fredcommo/rCGH
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	rCGH_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	rCGH_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	rCGH_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rCGH
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rCGH
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/rCGH/
软件包下载报告	下载数据