食物

DOI:10.18129 / B9.bioc.scran

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见食物．

单细胞rna序列数据分析方法

Bioconductor版本:3.9

实现单细胞RNA-seq数据的底层分析功能。为细胞特异性偏差的规范化、细胞周期阶段的分配、高变量和显著相关基因的检测、批效应的校正、标记基因的识别以及单细胞分析工作流程中的其他常见任务提供了方法。

作者:Aaron lum [aut, cre]， Karsten Bach [aut]， Jong Kyoung Kim [ctb]， Antonio Scialdone [ctb]， Laleh Haghverdi [ctb]

维护者:Aaron Lun

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“残渣”)

超文本标记语言	R脚本	使用scran分析scna -seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，聚类，GeneExpression，ImmunoOncology，归一化，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.12.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	SummarizedExperiment，S4Vectors，BiocGenerics，BiocParallel，Rcpp(>= 0.12.14)， stats, methods, utils，矩阵，嘘，刨边机，limma，dynamicTreeCut，BiocNeighbors，igraph，statmod，DelayedArray，DelayedMatrixStats，BiocSingular，dqrng
链接	Rcpp，beachmat，黑洞，dqrng
建议	testthat，BiocStyle，knitr，beachmat，HDF5Array，irlba，org.Mm.eg.db，DESeq2，单片眼镜，pracma，Biobase，aroma.light
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我	基础知识，scDD
建议我	CellTrails，clusterExperiment，HCAData，司康饼，simpleSingleCell，飞溅，TabulaMurisData
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	scran_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	scran_1.12.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	scran_1.12.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/残渣
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scran/
包下载报告	下载数据