singleCellTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.singleCellTK

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅singleCellTK。

单细胞RNA-Seq数据的交互式分析

Bioconductor版本:3.9

运行常见的单细胞分析直接通过浏览器包括微分表达式,将采样分析,集群。

作者:大卫•詹金斯

维护人员:David Jenkins dfj bu.edu > <

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“singleCellTK”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“singleCellTK”)

HTML	R脚本	1。介绍singleCellTK
HTML	R脚本	2。单细胞中数据处理和可视化工具包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,SingleCell,软件
版本	1.4.2
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.5),SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,DelayedArray,Biobase
进口	猿,colourpicker,集群,ComplexHeatmap,data.table,DESeq2,DT,ggplot2,ggtree,gridExtra,GSVA(> = 1.26.0),GSVAdata,limma,桅杆,matrixStats、方法、乘,情节,RColorBrewer,Rtsne,S4Vectors,闪亮的,shinyjs,股东价值分析,reshape2,AnnotationDbi,shinyalert,circlize,enrichR,shinycssloaders,shinythemes,umap
链接
建议	testthat,Rsubread,BiocStyle,knitr,bladderbatch,rmarkdown,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,scRNAseq,xtable,拼写,GSEABase,lintr
SystemRequirements
增强了
URL	https://compbiomed.github.io/sctk_docs/
BugReports	https://github.com/compbiomed/singleCellTK/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	singleCellTK_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	singleCellTK_1.4.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	singleCellTK_1.4.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ singleCellTK
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/singleCellTK/
包下载报告	下载数据