弹弓

DOI:10.18129 / B9.bioc.slingshot

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见弹弓．

订购单细胞测序的工具

Bioconductor版本:3.9

提供用于推断低维数据中连续的分支谱系结构的函数。Slingshot被设计用于模拟单细胞RNA测序数据中的发育轨迹，并作为降维和聚类后分析管道中的组件。它足够灵活，可以处理任意多的分支事件，并允许通过监督图构造合并先验知识。

作者:Kelly Street [aut, cre, cph]， Davide Risso [aut]， Diya Das [aut]， Sandrine Dudoit [ths]， Koen Van den Berge [ctb]， Robrecht Cannoodt [ctb]

维护者:Kelly Street < Street。凯利在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("slingshot")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“弹弓”)

超文本标记语言	R脚本	弹弓装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，princurve(>= 2.0.4)， stats
进口	猿，clusterExperiment，图形，grDevices，igraph，matrixStats、方法、rgl，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment
链接
建议	BiocGenerics，BiocStyle，命运，gam，knitr，mclust，RColorBrewer，rmarkdown，testthat，covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/kstreet13/slingshot/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	slingshot_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	slingshot_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	slingshot_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slingshot
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/slingshot
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/slingshot/
软件包下载报告	下载数据