vsn

DOI:10.18129 / B9.bioc.vsn

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见vsn。

微阵列数据的方差稳定与校正

Bioconductor版本:3.9

该包实现了一种归一化微阵列强度的方法，适用于单色和多色阵列。它也可以用于来自其他技术的数据，只要它们具有类似的格式。该方法使用极大似然估计的鲁棒变体进行加乘误差模型和仿射校准。该模型包含数据校准步骤(即归一化)、方差对平均强度的依赖性模型和方差稳定数据转换。转换强度之间的差异类似于“归一化对数比”。然而，与后者相比，它们的方差与均值无关，在检测差异转录时通常更敏感和特异性更高。

作者:沃尔夫冈·胡贝尔，由安雅·冯·海德布雷克贡献。许多用户的评论和建议得到了认可，其中包括Dennis Kostka, David Kreil, Hans-Ulrich Klein, Robert Gentleman, Deepayan Sarkar和Gordon Smyth

维护者:Wolfgang Huber < Wolfgang。胡贝尔在embl.de >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“vsn”)

超文本标记语言	R脚本	vsn简介(HTML版本)
PDF	R脚本	vsn的似然计算
PDF		用模拟数据验证和评估性能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,软件,TwoChannel
版本	3.52.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (R-2.1)或更早的版本(> 14.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0),Biobase
进口	方法,affy,limma,晶格,ggplot2
链接
建议	affydata,hgu95av2cdf,BiocStyle,knitr,dplyr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我	affyPara,cellHTS2,MmPalateMiRNA,rnaseqGene,webbioc
进口我	arrayQualityMetrics,coexnet,DAPAR,部,Doscheda,ExpressionNormalizationWorkflow,imageHTS,LVSmiRNA,metaseqR,MSnbase,NormalyzerDE,PowerExplorer,pvca,林格,tilingArray
建议我	adSplit,beadarray,BiocCaseStudies,DESeq,DESeq2,雌激素,flowVS,ggbio,GlobalAncova,globaltest,limma,光民,PAA,《暮光之城》
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	vsn_3.52.0.tar.gz
Windows二进制	vsn_3.52.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	vsn_3.52.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vsn
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ vsn
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/vsn/
包下载报告	下载数据