hgu133plus2CellScore

DOI:10.18129 / B9.bioc.hgu133plus2CellScore

这个包是3.9版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见hgu133plus2CellScore。

CellScore标准细胞类型表达数据集[hgu133plus2]

Bioconductor版本:3.9

CellScore标准数据集包含来自各种各样的人类细胞和组织的表达数据，这些数据应该用作计算CellScore的标准细胞类型。所有数据均来自公共数据库，如Gene Expression Omnibus (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)或ArrayExpress (https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)。本标准数据集仅包含来自Affymetrix genecchip Human Genome U133 Plus 2.0微阵列的数据。使用数据库信息或参考数据集起源的出版物对样本进行手动注释。示例注释存储在expressionSet对象的phenoData槽中。使用affy包处理原始数据(CEL文件)以生成present/absent调用(mas5calls)和背景减去值，然后由R-package yugene规范化以产生标准表达矩阵的最终表达值。微阵列的注释表从BioC注释包hgu133plus2中检索。所有数据都存储在一个expressionSet对象中。

作者:Nancy Mah, Katerina Taskova

维护人员:Nancy Mah < Nancy .l。我在googlemail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("hgu133plus2CellScore")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“hgu133plus2CellScore”)

PDF	R脚本	R包:hgu133plus2CellScore
PDF		参考手册

细节

biocViews	ArrayExpress，ExperimentData，ExpressionData，地理，基因组，Homo_sapiens_Data，MicroarrayData
版本	1.4.0
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	Biobase(> = 2.39.1)
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我	CellScore
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	hgu133plus2CellScore_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/hgu133plus2CellScore
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/hgu133plus2CellScore
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/hgu133plus2CellScore/
软件包下载报告	下载数据