parathyroidSE

DOI:10.18129 / B9.bioc.parathyroidSE

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见parathyroidSE。

Haglund et al.甲状旁腺肿瘤原代培养RNA-Seq实验[J] .临床内分泌杂志，2012。

Bioconductor版本:3.9

该包提供了从甲状旁腺肿瘤原代培养实验中获得的成对端RNA-Seq数据的基因和外显子部分读取计数的rangedsummarizedexper实验对象。这些数据发表在Haglund F, Ma R, Huss M, Sulaiman L, Lu M, Nilsson IL, Hoog a, Juhlin CC, Hartman J, Larsson C, J clinical Endocrinol Metab的文章“证据of a Functional Estrogen Receptor in Parathyroid Adenomas”。jc。2012-2484, Epub 2012年9月28日，PMID: 23024189。对4名患者在2个时间点、3种情况(DPN、OHT和对照组)的肿瘤培养物进行测序。一份对照样本因质量不高而被论文作者省略。包装插图描述了从NCBI Gene Expression Omnibus提供的原始测序数据中创建对象的过程，注册号为GSE37211。基因和外显子特征为GRCh37 Ensembl注释。

作者:Michael Love

维护者:Michael Love

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" parathyidse ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“parathyroidSE”)

PDF	R脚本	parathyroidGenesSE
PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData，RNASeqData，SequencingData
版本	1.22.0
许可证	LGPL
取决于	SummarizedExperiment， r (>= 2.10)
进口
链接
建议	Rsamtools，GenomicAlignments，GEOquery，SRAdb，GenomicFeatures，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我	ClassifyR，DEXSeq，simulatorZ
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	parathyroidSE_1.22.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/parathyroidSE
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/parathyroidSE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/parathyroidSE/
软件包下载报告	下载数据