csawUsersGuide

DOI:10.18129 / B9.bioc.csawUsersGuide

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本，请参见csawUsersGuide．

csaw用户指南

Bioconductor版本:3.9

用于检测ChIP-seq数据中的差分绑定区域的csaw包的用户指南。描述如何读入BAM文件以获得每个窗口的计数矩阵、过滤以获得感兴趣的高丰度窗口、标准化特定于样本的偏差、测试差异绑定、合并每个窗口的结果以获得每个区域的统计信息，以及DB结果的注释和可视化。

作者:Aaron Lun [aut, cre]

维护者:Aaron Lun

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“csawUsersGuide”)

PDF

R脚本

用户指南

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow，工作流
版本	1.0.0
许可证	GPL-3
取决于
进口
链接
建议	csaw，chipseqDBData，刨边机，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，org.Mm.eg.db，rtracklayer，Rsamtools，Gviz，knitr，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	csawUsersGuide_1.0.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csawUsersGuide
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ csawUsersGuide
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/csawUsersGuide/
包下载报告	下载数据