liftOver

DOI:10.18129 / B9.bioc.liftOver

这个包是3.9版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见liftOver．

使用rtracklayer:: lifover改变基因组坐标系统

Bioconductor版本:3.9

与UCSC浏览器轨道基础设施一起开发的liftOver设施可用于转换GRanges格式的数据。这是EBI/NHGRI GWAS目录的图片，截至2017年5月10日，该目录的坐标由NCBI构建hg38定义。

作者:Bioconductor Package Maintainer [aut, cre]

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("liftOver")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“liftOver”)

超文本标记语言

R脚本

使用rtracklayer:: lifover改变基因组坐标系统

细节

biocViews	BasicWorkflow，工作流
版本	1.8.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，gwascat，GenomicRanges，rtracklayer，Homo.sapiens，BiocGenerics
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/help/workflows/liftOver/
这取决于我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	liftOver_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/liftOver
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/liftOver
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/liftOver/
软件包下载报告	下载数据