rnaseqGene

DOI:10.18129 / B9.bioc.rnaseqGene

这个包是3.9版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见rnaseqGene。

RNA-seq工作流程:基因水平探索性分析和差异表达

Bioconductor版本:3.9

在这里，我们通过使用Bioconductor软件包的端到端基因水平RNA-seq差异表达工作流程。我们将从FASTQ文件开始，展示这些文件如何与参考基因组对齐，并准备一个计数矩阵，该矩阵计算每个样本中每个基因内的RNA-seq reads/片段的数量。我们将进行探索性数据分析(EDA)进行质量评估，并探索样品之间的关系，进行差异基因表达分析，并可视化地探索结果。

作者:迈克尔·洛夫[作家，作家]

维护者:Michael Love

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rnaseqGene")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“rnaseqGene”)

超文本标记语言

R脚本

基因水平的RNA-seq工作流程

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.8.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，BiocStyle，气道，Rsamtools，GenomicFeatures，GenomicAlignments，BiocParallel，magrittr，DESeq2，apeglm，vsn，dplyr，ggplot2，pheatmap，RColorBrewer，PoiClaClu，ggbeeswarm，genefilter，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db，ReportingTools，Gviz，股东价值分析，RUVSeq，裂变
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/rnaseqGene/
这取决于我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	rnaseqGene_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqGene
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/rnaseqGene
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/rnaseqGene/
软件包下载报告	下载数据