ANCOMBC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ANCOMBC

微生物组差异丰度及相关分析与偏差校正

Bioconductor版本:发行版(3.16)

ANCOMBC是一个包含微生物组数据差异丰度(DA)和相关分析的软件包。具体来说，该软件包包括:用于DA分析的微生物组组成分析2 (ANCOM- bc2)、用于偏差校正的微生物组组成分析(ANCOM- bc)、用于相关性分析的微生物组组成分析(ANCOM)和用于相关性分析的微生物组之间相关性稀疏估计(SECOM)。微生物组数据通常受到两个偏差来源的影响:不平等抽样分数(样本特定偏差)和差异测序效率(分类单元特定偏差)。ANCOMBC包中包含的方法旨在纠正这些偏差并构建统计上一致的估计值。

作者:黄林[cre, aut]

维护者:黄林

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ANCOMBC”)

超文本标记语言	R脚本	安共体
超文本标记语言	R脚本	ANCOMBC
超文本标记语言	R脚本	ANCOMBC2
超文本标记语言	R脚本	西科姆
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，微生物组，归一化，测序，软件
版本	2.0.2
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	米娅统计数据,CVXR，DescTools，Hmisc，质量，Rdpack，S4Vectors，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，TreeSummarizedExperiment，doParallel，doRNG，dplyr，emmeans，能源，foreach，lme4，lmerTest，magrittr，nloptr平行,rlang，rngtools，宠物猫，tidyr,跑龙套
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，DT，脱字符号，微生物组，tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC
BugReports	https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC/issues
全靠我
进口我	benchdamic，microbiomeMarker
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ANCOMBC_2.0.2.tar.gz
Windows二进制	ANCOMBC_2.0.2.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ANCOMBC_2.0.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ANCOMBC_2.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ANCOMBC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ANCOMBC
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ANCOMBC/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ANCOMBC/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档