BayesSpace

DOI:10.18129 / B9.bioc.BayesSpace

空间转录组的聚类和分辨率增强

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于聚类和提高空间基因表达实验分辨率的工具。BayesSpace聚类基因表达矩阵的低维表示，结合空间先验来鼓励相邻点聚在一起。该方法可以提高低维表示到“子点”的分辨率，从而可以估算基因表达或细胞类型组成等特征。

作者:Edward Zhao [aut]， Matt Stone [aut, cre]， Xing Ren [ctb]， Raphael Gottardo [ctb]

维护者:Matt Stone

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“BayesSpace”)

超文本标记语言	R脚本	BayesSpace
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DataImport，GeneExpression，ImmunoOncology，SingleCell，软件，转录组
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)，SingleCellExperiment
进口	Rcpp(>= 1.0.4.6)， stats，purrr，嘘，食物，SummarizedExperiment，coda，rhdf5，S4Vectors，矩阵，为了，mclust，RCurl，DirichletReg，xgboost跑龙套,ggplot2，尺度，BiocFileCache，BiocSingular
链接	Rcpp，RcppArmadillo，RcppDist，RcppProgress
建议	testthat，knitr，rmarkdown，igraph，spatialLIBD，dplyr，冬青，拼接而成，RColorBrewer，修拉
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	edward130603.github.io / BayesSpace
BugReports	https://github.com/edward130603/BayesSpace/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	BayesSpace_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	BayesSpace_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	BayesSpace_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BayesSpace_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BayesSpace
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BayesSpace
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BayesSpace/
软件包下载报告	下载数据