BiRewire

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiRewire

二部图(或二元事件矩阵)、无向和有向符号图保持度分布(或边际总数)的随机化高性能例程

Bioconductor版本:发行版(3.15)

通过N个连续的交换步骤进行二部网络重新布线的快速函数(参见参考资料)，以及为了使与原始网络的不相似度最大化而进行的最小交换步骤数的计算。包括用于跨切换步骤的引入随机性分析的函数，以及用于分析结果网络及其自然投影的几个其他例程。还提供了对无向网络和有向签名网络的扩展。从1.9.7版本开始，实现了更精确的边界(特别是对于小型网络)。从2.2.0版本开始，分析例程更加完整，并且实现了底层马尔可夫链的可视化监视。从3.6.0开始，该库还可以处理带NA的矩阵(不用于有向符号图)。从3.27.1版本开始，可以为dsg生成添加一个约束:通常不接受两个节点之间的正弧和负弧。

作者:Andrea Gobbi [aut]， Francesco Iorio [aut]， Giuseppe Jurman [cbt]， Davide Albanese [cbt]， Julio Saez-Rodriguez [cbt]。

维护者:Andrea Gobbi < Gobbi。安德里亚:mail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BiRewire")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“BiRewire”)

PDF	R脚本	BiRewire
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	网络，软件
版本	3.28.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(9年)
许可证	GPL-3
取决于	igraph，大满贯，Rtsne，矩阵
进口
链接
建议	RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.ebi.ac.uk/~iorio/BiRewire
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	BiRewire_3.28.0.tar.gz
Windows二进制	BiRewire_3.28.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	BiRewire_3.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiRewire
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiRewire
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BiRewire/
包下载报告	下载数据