删除包
一份从Bioconductor中移除的包裹清单以及它们最后可用的登陆页。
Bioconductor 3.12版本中移除的包
软件包:
- 限定符
- motifRG
- triform
- CVE
- proteoQC
- affypdnn
- splicegear
- Genominator
- IdMappingAnalysis
- IdMappingRetrieval
- 外套
- RefNet
- AnalysisPageServer
- SCFIND.
- kimod
- PLW.
- cobindR
- LMGene
- sRAP
- gCMAP
- gCMAPWeb
- DChIPRep
- CTDquerier
- Mtseeker.
- readat
- anamiR
- CALIB
- cellGrowth
- chroGPS
- DEDS
- LVSmiRNA
- mcrestimate
- nem
- Papi
- pcaGoPromoter
- 一品脱的量
- RIPSeeker
- 圣诞老人
- waveTiling
- BayesPeak
- bgafun
- 哈哈
- M3D
- MergeMaid
- IPPD
- biosvd
- birta
- DupChecker
- 有限元法
- geecc
- MaxContrastProjection
- mitoODE
- 拖把
- Powerexplorer.
- Vega.
实验数据包:
注释数据包:
- hom.at.inp.db.
- hom.Ce.inp.db
- hom.Dm.inp.db
- hom.dr.inp.db.
- hom.hs.inp.db.
- hom.Mm.inp.db
- hom.Rn.inp.db
- hom.Sc.inp.db
- KEGG.db(用KEGGREST代替)
- MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5
- MafDb.EXP6500SI.V2.SSA137.GRCh38
Bioconductor 3.11版本中移除了包
软件包:
- SNPchip
- 基因片
- Htsanalyzer.
- Rchemcpp
- 魅力
- Pbase
- dSimer
- 啪嗒啪嗒地响
- exomePeak
- CNPBayes
- 蠕动器
- plateCore
- rhvdm.
- Sepa.
- condcomp
- birte
- mlm4omics
- RnaSeqSampleSize
- CAMTHC(重命名debCAM)
实验数据包:
注释数据包:
- MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38(换成MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38)
- mafdb.gnomad.r2.0.1.grch38.(取代witht MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38)
- MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5(换成MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5)
- MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5(换成MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5)
- MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5
- MafDb.EXP6500SI.V2.SSA137.GRCh38
Bioconductor 3.10版本中移除的包
软件包:
- flowQ
- flowQB
- Procona.
- htSeqTools
- rmat.
- TSSi
- NGScopy
- 拼接
- SVM2CRM
- rSFFreader
- doqtl.
- miRsponge(重命名miRspongeR)
实验数据包:
用Biocumon 3.9释放删除的包装
软件包:
- ampliQueso
- BiocInstaller(由BiocManager取代)
- cytofkit
- facopy
- 加乌乔人
- Geneselector.
- GoogleGenomics
- arisspatialfeatures.
- mqtl.nmr.
- 推动
- pbcmc
- prot2D
- RamiGO
实验数据包:
- Iontredata.
- MSBdata(重命名MSMB)
使用Bioconductor 3.8 release移除包
软件包:
实验数据包:
Bioconductor 3.7版本中移除的包
软件包:
注释数据包:
Bioconductor 3.6版本移除包
软件包:
实验数据包：
Bioconductor 3.5版本中移除的包
软件包:
实验数据包：
注释:包
- gahgu133a.db
- gahgu133acdf
- gahgu133aprobe
- gahgu133b.db.
- gahgu133bcdf
- gahgu133bprobe
- gahgu133plus2.db
- gahgu133plus2cdf
- gahgu133plus2probe
- gahgu95av2.db
- gahgu95av2cdf
- gahgu95av2probe
- gahgu95b.db
- gahgu95bcdf
- gahgu95bprobe.
- gahgu95c.db
- gahgu95ccdf.
- gahgu95cprobe
- gahgu95d.db
- gahgu95dcdf
- gahgu95dprobe
- gahgu95e.db
- gahgu95ecdf
- gahgu95eprobe
- IlluminaHumanMethylation450k.db
- org.Sco.eg.db.html
- org.Tgondii.eg.db
9个软件包和1个实验数据包被标记为弃用，将在下一个版本中移除。
Bioconductor 3.4版移除了包
软件包:
- AffyTiling
- cellHTS
- DASiR
- DAVIDQuery
- GenoView
- inSilicoDb
- inSilicoMerging
- jmosaic
- metaX
- MMDiff
- neaGUI
- 罗克萨
- rwebservices.
- SJava
- SomaticCA
- 铲
实验数据包：
1个软件包和2个实验数据包被标记为已弃用，将在下一个版本中删除。
Bioconductor 3.3版本中移除了包
此版本没有删除包裹。17包被标记为已弃用，在下一版本中被删除。
Bioconductor 3.2版本中移除了包
此版本没有删除包裹。
用Biocumon 3.1释放删除的包装
Bioconductor 3.0版本中移除了包
Bioconductor 2.14版本中移除了包
Bioconductor 2.13版本中移除的包
用Biocumon2.12释放删除的包装
Bioconductor 2.11版本中移除了包
Bioconductor 2.10版本中移除了包
Bioconductor 2.9版本中移除了包
Bioconductor 2.8版本移除包
Bioconductor 2.7版本中移除的包
Bioconductor 2.6版本中移除的包
- 克夫思被重命名keggorthology。
