CEMiTool

DOI:10.18129 / B9.bioc.CEMiTool

Co-expression模块识别工具

Bioconductor版本:版本(3.17)

CEMiTool包结合coexpression基因的发现和分析模块以全自动的方式,同时提供一个用户友好的html报告与高质量的图形。我们的工具评估如果模块包含基因比例过高通过特定途径或改变了在一个特定的样本组。此外,CEMiTool能够整合与interactome转录组数据信息,识别潜在的中心在每个网络。

作者:佩德罗Russo (aut), Gustavo费雷拉(aut) Matheus汉堡(aut),卢卡斯卡多佐(aut),第欧根尼利马(aut),蒂亚戈Hirata (aut),梅丽莎杆(aut)举行Nakaya (aut (cre)

维护人员:举行Nakaya < hnakaya在usp.br >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CEMiTool”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“CEMiTool”)

HTML	R脚本	CEMiTool: Co-expression模块识别工具
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,网络,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,软件,转录组,mRNAMicroarray
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	方法、尺度、dplyr数据。表(> = 1.9.4)、WGCNA网格,ggplot2, ggpmisc, ggthemes, ggrepel,系统网络体系结构(sna)中,clusterProfiler,fgsea,knitr stringr rmarkdown igraph, DT, htmltools, pracma,鹰图,grDevices,跑龙套,网络,matrixStats, ggdendro, gridExtra, gtable fastcluster
链接
建议	testthat, BiocManager
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	CEMiTool_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	CEMiTool_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CEMiTool_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CEMiTool_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CEMiTool
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CEMiTool
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CEMiTool/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CEMiTool/
包下载报告	下载数据