CNVMetrics

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVMetrics

拷贝数变量度量

Bioconductor版本:Release (3.15)

CNVMetrics包计算相似度度量，以方便样本和/或方法之间的拷贝数变体比较。相似度度量可以用来比较基因不相关的样本以及具有共同遗传背景的样本的CNV谱。一些指标基于共享的放大/删除区域，而其他指标依赖于放大/删除级别。作为输入的数据类型是一个纯文本文件，其中包含拷贝数变异的基因组位置，以及状态和/或log2比值值。最后，提供了一个可视化工具来研究结果指标。

作者:Astrid Deschênes [aut, cre]，帕斯卡·贝洛[au]，戴维·a·图韦森[aut]，亚历山大·克拉斯尼茨[aut]

维护者:Astrid Deschênes

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CNVMetrics”)

超文本标记语言	R脚本	复制数变量度量
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion,CopyNumberVariation,软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,BiocParallel、方法、magrittr统计数据,pheatmap,gridExtra, grDevices
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/krasnitzlab/CNVMetricshttps://krasnitzlab.github.io/CNVMetrics/
BugReports	https://github.com/krasnitzlab/CNVMetrics/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	CNVMetrics_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	CNVMetrics_1.0.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CNVMetrics_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVMetrics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVMetrics
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CNVMetrics/
软件包下载报告	下载数据