COTAN

DOI:10.18129 / B9.bioc.COTAN

共表达式表分析

Bioconductor版本:发行版(3.15)

单细胞水平基因对共表达分析的统计和计算方法。为单细胞基因互作组分析提供了基础。基本思路是研究零UMI计数的分布，而不是专注于正计数;这是通过一个广义列联表框架完成的。COTAN可以有效评估基因对的相关或反相关表达。它提供了与相关性相关的数值指标和相关独立性检验的近似p值。COTAN还可以评估单个基因是否存在差异表达，用新定义的全局分化指数对其进行评分。此外，该方法还提供了根据基因与其他基因的共表达模式绘制和聚类基因的方法，有效地帮助基因相互作用的研究，成为识别细胞识别标记基因的新工具。

作者:Galfrè西尔维娅·朱利亚[aut, cre]，莫兰丁·弗朗西斯科[法国人]， Pietrosanto Marco [aut]，克雷米西·费德里科[法国]， Helmer-Citterich Manuela[法国]

维护者:Galfrè Silvia Giulia < Silvia。Galfre在uniroma .it>

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("COTAN")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	指导教程
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细节

biocViews	GeneExpression，SingleCell，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.0.0
在Bioconductor公司	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	dplyr，方法，grDevices，矩阵，ggplot2，ggrepel，统计，平行，宠物猫，tidyr，蛇怪，网状，ComplexHeatmap，circlize、网格尺度跑龙套,rlang，Rfast
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),拼写，knitr，data.table，R.utils，tidyverse，rmarkdown，htmlwidgets，质量，factoextra，Rtsne，情节，dendextend，BiocStyle，cowplot
SystemRequirements	python
增强了
URL	https://github.com/seriph78/COTAN
BugReports	https://github.com/seriph78/COTAN/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	COTAN_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	COTAN_1.0.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	COTAN_1.0.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/COTAN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/COTAN
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/COTAN/
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