CTCF

DOI:10.18129 / B9.bioc.CTCF

CTCF结合位点的基因组坐标，带方向

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CTCF结合位点的基因组坐标，具有链取向(结合的方向性)。使用来自JASPAR、HOCOMOCO、CIS-BP、CTCFBSDB、SwissRegulon、Jolma 2013的位置权重矩阵(PWMs)，在人类(hg18、hg19、hg38、T2T)和小鼠(mm9、mm10、mm39)基因组组装上使用FIMO(默认设置)统一预测CTCF结合位点。额外的列包括motif/PWM名称(例如，MA0139.1)，分数，p值，q值和motif序列。建议使用1e-6的p值阈值来过滤fimo预测的站点，而不是使用默认的1e-4阈值。还包括从ENCODE SCREEN中实验获得的CTCF结合顺式调控元件和从CTCFBSDB中预测的CTCF位点。选定的数据是从不同的基因组组合中提取的，因为我们证明了提取是获得不同基因组组合中的CTCF坐标的可行选项。推荐使用JASPAR的MA0139.1 PWM获得并以1e-6 p值阈值滤波的CTCF位点。

作者:米哈伊尔·多兹莫洛夫[aut, cre]， Eric Davis [aut]， Wancen Mu [aut]， Stuart Lee [aut]， Tim Triche [aut]， Douglas Phanstiel [aut]， Michael Love [aut]

维护者:Mikhail Dozmorov < Mikhail。多兹莫洛夫在gmail.com>

安装

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文档

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超文本标记语言	R脚本	CTCF简介
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细节

biocViews	AnnotationData，AnnotationHub，FunctionalAnnotation，GenomicSequence
版本	0.99.11
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口
链接
建议	BiocStyle，rmarkdown，knitr，AnnotationHub，GenomicRanges，plyranges，sessioninfo
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/CTCF
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/CTCF/issues
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包档案

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源包	CTCF_0.99.11.tar.gz
Windows二进制
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macOS二进制文件(arm64)
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CTCF/
软件包下载报告	下载数据