ChIPpeakAnno

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPpeakAnno

从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致大量的染色体范围

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包包括检索峰周围序列的功能，获得丰富的基因本体(GO)术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征，如最保守的元素和其他转录因子结合位点由用户提供。从2.0.5开始，添加了新的功能，用于查找具有总结统计的双向启动子的峰值(peaksNearBDP)，用于汇总峰值中motif的出现情况(summarizePatternInPeaks)，以及用于向注释的峰值或充实的go添加其他id (addGeneIDs)。这个包利用了biomaRt, IRanges, Biostrings, BSgenome, GO.db, multtest和stat包。

作者:朱丽华朱莉，欧建宏，于军，胡凯，刘海波，Hervé Pagès，克劳德·加津，内森·劳森，瑞恩·汤普森，西蒙·林，大卫·拉普安特和迈克尔·格林

维护者:欧建宏<建宏。ou at duke.edu>，朱丽华Julie Zhu < Julie。在umassmed.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“ChIPpeakAnno”)

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细节

biocViews	注释,ChIPSeq,ChIPchip,软件
版本	3.32.0
在Bioconductor	BioC 2.5 (R-2.10)(13年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.5)，方法，IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),S4Vectors(> = 0.17.25)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics(> = 0.1.0),Biostrings(> = 2.47.6),DBI,dplyr,ensembldb,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,RBGL,Rsamtools,SummarizedExperiment,维恩图,biomaRt,ggplot2grDevices,图，图形，网格，InteractionSet,KEGGREST,matrixStats,乘,地区,rtracklayer，统计，效用
链接
建议	AnnotationHub,BSgenome,limma,reactome.db,BiocManager,BiocStyle,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,org.Ce.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,DelayedArray,印尼盾,seqinr,EnsDb.Hsapiens.v75,EnsDb.Hsapiens.v79,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,GO.db,gplots,UpSetR,knitr,rmarkdown,testthat,trackViewer,motifStack,OrganismDbi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	REDseq,火神
进口我	ATACseqQC,DEScan2,GUIDEseq
建议我	chipseqDB,R3CPET,seqsetvis
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPpeakAnno_3.32.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_3.32.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ChIPpeakAnno_3.32.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ChIPpeakAnno_3.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPpeakAnno
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPpeakAnno
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPpeakAnno/
软件包下载报告	下载数据