ChipSeeker.

DOI：10.18129 / b9.bioc.chipseeker.

ChipSeeker用于芯片峰值注释，比较和可视化

Bioconductor版本：释放（3.13）

该包实现函数来检索峰值周围的最近基因，注释峰值的基因组区域，用于估计芯片峰值数据集之间重叠的重要性的统计方法，并结合了用于用户的Geo数据库与存放在数据库中的那些数据集。比较可用于推断协同规范，从而可以用于产生假设。实施了几种可视化功能以总结峰值实验，平均曲线和峰与TSS区的峰值，基因组注释，TSS的距离以及峰或基因重叠的覆盖率。

作者：广东宇[AUT，CRE]，云燕[CTB]，HervéPagès[CTB]，Michael Kluge [CTB]，Thouas Schwarzl [CTB]，周冈Xu [CTB]

维护者：广东宇<广东峪在Gmail.com>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“chipseeker”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“CHIPSEEKER”）

HTML.	r script.	ChipSeeker：用于芯片峰值注释，比较和可视化的R包
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	注解那chipseq.那多匹匹莫森那软件那可视化
版本	1.28.3
在生物导体中以来	BIOC 2.14（R-3.1）（7年）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.5.0）
进口	annotationdbi.那生物根系那靴子那纪念碑那绞喉那Genomeinfodb.那Genomicranges.那基因组法那ggplot2.那贡献，图形，grdevices，GTOOLS.， 方法，Plotrix.那dplyr.， 平行，Magrittr.那rcolorbrewer.那rtracklayer.那S4Vectors.，统计，txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.，实用程序
链接到
建议	ClusterProfiler.那吉比那ggplotify.那ggupset.那反弹那org.hs.eg.db.那kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那娇媚
系统要求
加强
URL.	https://guangchuangyu.github.io/software/chipseeker.
Bugreports.	https://github.com/yulab-smu/chipseeker/issues.
取决于我
进口我	阿尔卑斯山那esatac.那profflewlactiple.那tcgaworkflow.
建议我	施用adipochip.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	chipseeker_1.28.3.tar.gz.
Windows二进制文件	chipseeeker_1.28.3.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	chipseeeker_1.28.3.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/chipseeker.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ ChipSeeker
包短网址	https://biocumon.org/packages/chipseeker/
包裹下载报告	下载统计信息
BIOC 3.13的旧源包	源档案