CompoundDb

DOI:10.18129 / B9.bioc.CompoundDb

创建和使用(化学)化合物注释数据库

Bioconductor版本:Release (3.15)

CompoundDb提供了从各种不同来源(如LipidMaps, HMDB, ChEBI或MassBank)创建和使用(化学)化合物注释数据库的功能。该数据库格式允许存储额外的MS/MS谱以及化合物信息。该软件包还为Bioconductor的Spectra软件包提供了一个后端，从而允许将实验金属MS/MS光谱与数据库中的MS/MS光谱进行匹配。数据库可以以SQLite格式存储，因此是可移植的。

作者:Jan Stanstrup [aut]，约翰内斯·雷纳[aut, cre]，巴迪亚[ctb]，罗杰·吉因[au]，安德烈·维奇尼[au]

维护者:Johannes Rainer < Johannes。Rainer在eurac。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CompoundDb”)

超文本标记语言	R脚本	创建CompoundDb注释资源
超文本标记语言	R脚本	CompoundDb包注释资源的使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	1.0.2中
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.1)，方法，AnnotationFilter，S4Vectors
进口	BiocGenerics，ChemmineR，宠物猫，jsonlite，dplyr，DBI，dbplyr，RSQLite，Biobase，ProtGenerics，xml2，IRanges，光谱(> = 1.5.17),MsCoreUtils，MetaboCoreUtils
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle(> = 2.5.19)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/CompoundDb
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/CompoundDb/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	CompoundDb_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	CompoundDb_1.0.2.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CompoundDb_1.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CompoundDb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CompoundDb
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CompoundDb/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.15的旧源包	源存档