文案

DOI:10.18129 / B9.bioc.CopywriteR

使用脱靶读取从目标测序中复制编号信息

Bioconductor版本:发行版(3.16)

文案利用脱靶读取从靶向测序中提取DNA拷贝数信息。它允许提取均匀分布的拷贝数信息，可以在不参考的情况下使用，并且可以应用于从各种技术获得的测序数据，包括染色质免疫沉淀和小基因板上的目标富集。因此，CopywriteR构成了一个广泛适用的替代可用的副本数检测工具。

作者:Thomas Kuilman

维护者:Oscar Krijgsman

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

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PDF	R脚本	文案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，报道，ExomeSeq，ImmunoOncology，预处理，软件，TargetedResequencing，可视化
版本	2.29.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.2)，BiocParallel
进口	matrixStats，gtools，data.table，S4Vectors，chipseq，IRanges，Rsamtools，DNAcopy，GenomicAlignments，GenomicRanges，CopyhelpeR，GenomeInfoDb，futile.logger
链接
建议	BiocStyle，SCLCBam，雪
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/PeeperLab/CopywriteR
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	CopywriteR_2.29.0.tar.gz
Windows二进制	CopywriteR_2.30.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CopywriteR_2.30.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CopywriteR_2.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CopywriteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CopywriteR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CopywriteR/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CopywriteR/
软件包下载报告	下载数据