CoreGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoreGx

作为其他“Gx”包基础的类和函数

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一个函数和类的集合，作为我们实验室的R包套件的基础，如“PharmacoGx”和“RadioGx”。创建这个包是为了从其他实验室包版本中抽象共享功能，以增加可维护性，并减少当前和未来“Gx”套件程序中的代码重复。主要功能包括一个“CoreSet”类，从它派生出了“RadioSet”和“PharmacoSet”，以及每个对应插槽的get和set方法。还包括拟合和绘制剂量响应曲线、量化统计相关性和计算曲线下面积(AUC)或生存分数(SF)等附加函数。更多细节请参见所附文档，以及:Smirnov, P.， Safikhani, Z.， El-Hachem, N.， Wang, D.， She, A.， Olsen, C.， Freeman, M.， Selby, H.， Gendoo, D.， Grossman, P.， Beck, A.， Aerts, H.， Lupien, M.， Goldenberg, A. (2015) ．Manem, V.， Labie, M.， Smirnov, P.， Kofia, V.， Freeman, M.， Koritzinksy, M.， Abazeed, M.， Haibe-Kains, B.， Bratman, S. (2018) ．

作者:彼得·斯米尔诺夫[aut]，伊恩·史密斯[aut]，克里斯托弗·伊莱斯[aut]，菲菲·李[aut]，本杰明·海贝-肯斯[aut, cre]

维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。Kains at utoronto.ca>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CoreGx")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CoreGx”)

超文本标记语言	R脚本	CoreGx:类和函数抽象
超文本标记语言	R脚本	治疗反应实验班
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，药物基因组学，软件，生存
版本	2.2.0
在Bioconductor公司	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.1)，BiocGenerics，SummarizedExperiment
进口	Biobase，S4Vectors，MultiAssayExperiment，MatrixGenerics，钢琴，BiocParallel平行,BumpyMatrix，使彻底失败，方法，统计，utils，图形，grDevices，文理学院，data.table，蜡笔，胶水，rlang，板凳上
链接
建议	老鸨，减价，BiocStyle，rmarkdown，knitr，formatR，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	PharmacoGx，RadioGx，ToxicoGx
进口我	PDATK
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CoreGx_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	CoreGx_2.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CoreGx_2.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CoreGx_2.2.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CoreGx
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CoreGx
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CoreGx/
软件包下载报告	下载数据