部

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEP

微分浓缩蛋白质组学数据的分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包提供了一个集成分析工作流健壮且可再生的质谱蛋白质差异表达蛋白质组学数据分析或微分浓缩。它需要表格输入(例如txt文件)所生成的原始质谱数据的定量分析软件,如MaxQuant或IsobarQuant。功能是提供数据准备、过滤、方差归一化和归责缺失值,以及统计测试的不同纯度/表达蛋白质。它还包括工作流工具检查中间步骤,如标准化和归责缺失值。最后,还提供了可视化工具探索结果,包括热图,火山的情节和barplot表示。科学家在R与经验有限,包还包含需要完整的包装器函数分析工作流和生成报告。更容易使用交互式的应用提供的包。

作者:阿恩史密特(cre, aut],沃尔夫冈·胡贝尔(aut)

维护人员:Arne史密特<史密特。阿恩在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“部”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“部”)

HTML	R脚本	部:介绍
HTML	R脚本	部:缺失值处理
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细节

biocViews	DataRepresentation,DifferentialExpression,ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5)
进口	ggplot2、dplyr purrr readr,宠物猫,tidyr,SummarizedExperiment(> = 1.11.5),MSnbase,limma,vsnfdrtool ggrepel,ComplexHeatmapshinydashboard RColorBrewer circlize,闪亮,DT, rmarkdown,为了,gridExtra,电网数据,imputeLCMD,集群
链接
建议	testthat、enrichR knitr,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	proDA,RforProteomics
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEP_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	DEP_1.22.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	DEP_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DEP_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/管理
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DEP/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEP/
包下载报告	下载数据