DepInfeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.DepInfeR

通过整合体外药物反应分析和药物蛋白分析推断肿瘤特异性癌症依赖性

Bioconductor版本:Release (3.15)

DepInfeR集成了两个实验可访问的输入数据矩阵:癌细胞系或原发肿瘤的体外药物敏感性谱(X)和一组蛋白质的药物亲和力(Y)，以推断癌症分子蛋白质依赖性的矩阵(ß)。DepInfeR通过正则化多元线性回归来反褶积蛋白质对生存能力表型的抑制作用。它为每个蛋白质和每个样本分配了一个“依赖系数”，因此可以用于获得异质性疾病中基因组畸变的功能后果的因果关系和准确理解，以及指导对特定癌症类型、亚型或个体患者进行药物干预的选择。欲了解更多信息，请阅读bioRxiv上的预印本:https://doi.org/10.1101/2022.01.11.475864。

作者:陆俊燕[aut, cre]，阿丽娜·巴茨拉[au]

维护人员:Junyan Lu

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	DepInfeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FunctionalGenomics，遗传药理学，药物基因组学，回归，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	matrixStats，glmnet统计数据,BiocParallel
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),knitr，rmarkdown，dplyr，tidyr，宠物猫，ggplot2，missForest，pheatmap，RColorBrewer，ggrepel，ggbeeswarm
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Huber-group-EMBL/DepInfeR/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DepInfeR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	DepInfeR_1.0.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	DepInfeR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DepInfeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DepInfeR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DepInfeR/
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